Snelle test brengt alle darmbacteriën in één keer in kaart 

Patiënten met chronische darmziekten kunnen last krijgen van opflakkeringen wanneer het evenwicht tussen de soorten darmbacteriën verstoord raakt. Medisch microbioloog prof. Paul Savelkoul en collega’s ontwikkelden met steun van ZonMw een technologie die in korte tijd alle darmbacteriën meet. Zo wordt het hopelijk mogelijk om opflakkeringen van chronische darmziekten in een vroeg stadium te herkennen en te behandelen. 

De darmen van een mens bieden onderdak aan twee tot drie kilogram bacteriën: het microbioom. Zij zijn nodig om voedsel te verteren en beïnvloeden indirect de stofwisseling, het afweersysteem en zelfs de psyche. De meeste darmbacteriën zijn nuttig, maar een verstoring van het evenwicht tussen de verschillende soorten bacteriën kan tot problemen leiden. Dat geldt in het bijzonder voor patiënten met IBD (inflammatory bowel disease), zoals colitis ulcerosa en de ziekte van Crohn. ‘IBD is een chronische ziekte waarbij patiënten opflakkeringen van de ziekte kunnen krijgen’, vertelt medisch microbioloog prof. Paul Savelkoul (Maastricht UMC+). ‘De darmontstekingen worden in sommige gevallen zo heftig, dat een deel van de darm moet worden verwijderd.’

Test geschikt voor routinediagnostiek

Er bestaat een verband tussen verstoring van het evenwicht tussen de verschillende darmbacteriën en het ontstaan van opflakkeringen bij IBD. ‘Behandelaren willen mogelijke opflakkeringen graag vroeg herkennen om in een vroeg stadium het evenwicht te herstellen, bijvoorbeeld met een aanpassing van het voedingspatroon of door antibiotica of probiotica voor te schrijven’, legt Savelkoul uit. Maar om te zien wat zo’n interventie doet met de darmflora, moet je die wel goed in beeld kunnen brengen. ‘Daarom begonnen we negen jaar geleden, met steun van ZonMw, met de ontwikkeling van de IS-pro-technologie. We wilden snel en eenvoudig kunnen meten welke darmbacteriën iemand bij zich draagt en in welke onderlinge verhouding.’ Het moest een technologie worden die geschikt was voor de reguliere diagnostiek - en dat is gelukt. ‘Elk lab dat over PCR-technologie beschikt – dat is zo’n 95%, schat ik - kan de IS-pro-test uitvoeren’, zegt de medisch microbioloog. ‘De uitslag is nog dezelfde dag beschikbaar. Die wordt geüpload naar de cloud zodat de arts er op de computer naar kan kijken, samen met de patiënt.’

Gecontroleerd bijsturen 

Hoe werkt de IS-pro-technologie? ‘Het begint met DNA isoleren uit een beetje ontlasting, wat vrij eenvoudig is’, antwoordt Savelkoul. ‘Daarna wordt het DNA van alle bacteriën vermenigvuldigd met de PCR. De technologie maakt gebruik van de lengte van een bepaald stukje van het DNA - de IS-regio. Die lengte is uniek voor elke bacteriesoort.’ Het resultaat: een overzicht van alle aanwezige soorten bacteriën, plus de relatieve hoeveelheden. ‘In het algemeen geldt: hoe meer diversiteit, hoe beter’, voegt Savelkoul toe. ‘Dus als je bij iemand een plotselinge afname van het aantal soorten bacteriën ziet, dan wil je dat herstellen met bijvoorbeeld een dieet of medicijnen, of door te stoppen met antibiotica. Een paar dagen later kun je dan de test herhalen om te zien of de interventie het gewenste effect heeft. Zo kun je gecontroleerd bijsturen.’

Uitbreiding naar andere toepassingen

Tijdens het ZonMw-onderzoeksproject, dat liep van 2012 tot 2019, bleek het goed mogelijk om de darmbacteriën van IBD-patiënten te monitoren. ‘Daarna werd het bedrijf InBiome verantwoordelijk voor IS-pro’, vertelt Savelkoul. ‘Ik ben zelf wetenschappelijk adviseur, maar maak geen deel uit van het bedrijf – mijn interesse ligt meer bij patiëntenzorg en onderzoek.’ Het mooie is dat de technologie met wat kleine aanpassingen ook voor heel veel andere infecties bruikbaar blijkt. ‘Bijvoorbeeld bij longpatiënten of bij patiënten met een kunstheup met een bacteriële infectie, maar ook voor de reguliere diagnostiek van infecties.’ Tot nu toe werd bij verdenking op een darminfectie achtereenvolgens op allerlei verschillende bacteriën getest. ‘Dat kost veel tijd en soms vonden artsen alsnog niets – bijvoorbeeld als de boosdoener toevallig niet op te kweken viel in het lab. Met de IS-pro-technologie vind je alle bacteriën in één keer, zonder dat je ze hoeft op te kweken.’

Voor diagnostiek van infecties is de IS-pro al goedgekeurd en op de markt. ‘Voor IBD moeten we eerst nog aantonen dat we het behandelbeleid ermee kunnen verbeteren’, zegt Savelkoul. ‘Daarvoor start het bedrijf nu een vervolgstudie, die helaas vertraging oploopt door de COVID-pandemie. Desondanks verwacht InBiome dit jaar de registratie van de IBD-toepassing rond te krijgen en die volgend jaar op de markt te brengen.’

Nieuwe leercurve

Voor implementatie is het wel van cruciaal belang dat de test vergoed gaat worden. ‘Dat is een lastige hobbel: een klein bedrijf moet met zóveel bewijs komen dat het bij wijze van spreken al failliet is vóór de implementatie. En de nieuwe Europese wetgeving voor in vitro diagnostiek – IVDR – maakt het nog lastiger.’ Maar als die vergoeding eenmaal rond is, voorziet Savelkoul een mooie toekomst. ‘De beschikbaarheid van een snelle test voor de darmflora schept zoveel nieuwe mogelijkheden’, zegt hij. ‘Je hoeft je niet meer te richten op één ziekteverwekker maar kunt sturen op alle bacteriën, ook die we bij ons hóren te dragen. We stappen zo een heel nieuwe leercurve in.’